フラット35の新築住宅建設の場合の手続きの流れは、以下のように機構が定める検査機関に工事検査の申請をし、全ての検査に合格して適合証明書の交付を受けることになります。

また、フラット35の主要な申込要件については機構が全国共通で定めていますが、基本的には民間金融機関で販売される商品なので、金利、手数料、申込時の提出書類などについては各金融機関ごとに異なることになります。

■借入の申込み
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■審査結果の通知
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■設計検査の申請・合格
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■工事の着工
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■現場検査の申請・合格（中間）
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■竣工
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■現場検査の申請・合格（竣工）
■適合証明書の申請・適合証明書の交付
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■金融機関に適合証明書を提出
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■抵当権の設定、保存登記、融資の契約、資金の受取り
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■入居